A história do Madureira Esporte Clube sempre esteve ligada ao comércio local. Foi no ano de 1932 que os comerciantes Elísio Alves Ferreira, Manoel Lopes da Silva, Manuel Augusto Maia e Joaquim Braia, entre outros, lideraram um movimento no sentido de ser fundado um grande clube em Madureira. O grupo entrou em contato com Uassir do Amaral, então presidente do Fidalgo Madureira Atlético Clube. Na época, pensou-se ainda na fusão com o Magno Futebol Clube, o que, de início, foi reprovado pelos sócios.

Após várias Assembléias, em 16 de fevereiro de 1933 ficou considerado fundado o Madureira Atlético Clube, com a data de 08 de agosto de 1914, que era do Fidalgo. O novo clube passou a adotar em seu emblema e nos uniformes a cor azul do Magno e a roxa do Fidalgo. Em 1939, o Madureira disputou o Campeonato pela Federação Metropolitana de Futebol, sagrando-se campeão no quadro de amadores e campeão nos profissionais do Torneio Início.

Com o objetivo de dinamizar, ampliar e engrandecer atividade esportiva do clube, no dia 12 de outubro 1971 foi criado o Madureira Esporte Clube, resultado da fusão feita com o Madureira Atlético Clube, Madureira Tênis Clube e Imperial Basquete Clube. A data de fundação, no entanto, prevaleceu a de 08 de agosto de 1914, para efeito nas Federações.

Desde então, o Madureira tornou-se um Celeiro de Craques, formando inúmeros profissionais para o futebol brasileiro, inclusive com passagem pela Seleção Brasileira. Daqui saíram, entre outros, Didi, Evaristo, Jair da Rosa Pinto, Isaías, Lelé, Nair e Nelsinho. De um período mais recente, foram crias do Tricolor suburbano jogadores como: Marcelinho Carioca (um dos atletas mais vitoriosos do futebol brasileiro), Iranildo (fez sucesso no Flamengo, Botafogo e Brasiliense), Naza (campeão da Libertadores 1997 pelo Vasco), Léo Lima (bi-campeão mundial pela Seleção Brasileira Sub-17 em 1999) e Souza (bi-campeão mundial pela Seleção Brasileira Sub-17 em 1999 e artilheiro do Campeonato Brasileiro 2006 pelo Goiás).